はい、「子どもアカウント」を含め、どのニンテンドーアカウントでも連携することができます。
連携する手順については、下記のQ&Aをご確認ください。
Q. スマートフォン版とNintendo Switch版の両方で利用する場合の始め方や手順を知りたい
また、スマートフォン版にニンテンドーアカウントを連携しようとした際、別のアカウントが表示されている場合には、下記のQ&Aをご確認ください。
Q.【スマートフォン版】初回起動時にニンテンドーアカウントを連携しようとすると、連携したいアカウントが表示されていません