【スマートフォン版】同じプラットフォームID（Apple ID/Googleアカウント）を登録しているスマートフォン・タブレット端末を複数持っているのですが、それぞれに別のニンテンドーアカウントを連携して使用することはできますか？

同じプラットフォームIDを登録しているスマートフォン・タブレット端末で別の『Pokémon HOME』を使用した場合、それが原因で予期せぬデータ状態となる可能性があるため、推奨していません。

この推奨しない状態で、データに問題が発生した場合、サポートの対象外となる場合があります。
恐れ入りますが、それぞれの端末に別々のプラットフォームID（Apple ID/Googleアカウント）を登録して使用することをご検討ください。