【Nintendo Switch版】１台のNintendo Switch本体において、『Pokémon HOME』を開始したユーザーが連携できる対象ソフトのセーブデータは、自分のセーブデータのみですか？

いいえ。『Pokémon HOME』を使用できるユーザーは、同一本体内の他ユーザーの対象ソフトのセーブデータともポケモンの引き出しや預け入れができます。