【スマートフォン版】アプリ内で追加できるフレンドとは、Nintendo Switch本体のユーザーに追加されるフレンドを『Pokémon HOME』に追加（連携）させるものですか？

いいえ。『Pokémon HOME』内で追加できるフレンド機能は、スマートフォン版にのみ実装される機能であり、Nintendo Switch版には実装されておりません。

そのため、『Pokémon HOME』内で追加できるフレンドと、Nintendo Switch本体のユーザーに追加することのできるフレンドは、全く関係のない別物となります。