該当のエラーは、すでにNintendo Switch版の『Pokémon HOME』を利用中のニンテンドーアカウントを、スマートフォン版の『Pokémon HOME』の利用開始後に連携しようとした際に発生するエラーとなります。
すでにNintendo Switch版の『Pokémon HOME』を利用中のニンテンドーアカウントをスマートフォン版の『Pokémon HOME』に連携する場合は、スマートフォン版の『Pokémon HOME』を最初から始める際に表示される画面で連携を行う必要がございます。
該当のエラーが表示される場合は、一度、利用中のスマートフォン版の『Pokémon HOME』アプリをアンインストール（※）を行った後、あらためてアプリをインストールし、最初から初めてください。
最初から始める際に「ニンテンドーアカウントの確認」と表示されますので、その画面で「連携する」を押して、Nintendo Switch版でも連携しているニンテンドーアカウントと連携を行えば、正常に連携することができます。（※※）
（※）ニンテンドーアカウントに連携する前の『Pokémon HOME』アプリをアンインストールする場合、アプリに保存していたポケモンなどの情報は消えてしまいます。あらかじめご了承ください。
（※※）上記をお試しいただいても正常に連携ができない場合は、こちらで全体的な不具合が発生していないか、ご確認ください。